国家级研究机构

化学工程联合国家重点实验室
中拉清洁能源与气候变化国际联合研究中心

省部级研究机构

国家环保部生态工业联合重点实验室	清洁能源化工技术教育部工程研究中心
工业生物催化教育部重点实验室	膜材料与工程北京市重点实验室
绿色反应工程与工艺北京市重点实验室	工业大数据系统与应用北京市重点实验室

本系研究所室

高分子研究所	萃取分离实验室
反应工程实验室	生物化工研究所
应用化学研究所	过程系统工程研究所
生态工业研究中心	膜技术与工程研究中心
化工热力学实验室	化学工程与工艺研究所

校级跨院系联合研究机构

盐碱地区生态修复与固碳研究中心(参与)	低碳能源实验室(参与)
循环经济研究院	公共安全研究院(参与)

与企业合作联合研究机构

联合应用化学与化学工程研究所(与中国石油化工总公司共建)	清华大学(化工系)-安徽省安庆市曙光化工股份有限公司 氰衍生物联合研究中心
清华大学(化工系)-黄河三角洲京博化工研究院有限公司 高性能高分子材料联合研究中心