近年来，土木工程系加强了与企业的合作力度，建设了一批高水平的实践教学基地。2011年，与中国建筑股份有限公司共建了“国家级工程实践教学中心”，这是是清华大学与中国建筑股份有限公司为代表的行业优秀企业合作、实践“技术+管理”人才培养模式，服务地方经济的重要模式。同时，结合生产实习实践教学课程，建立了规范的实践教学长效发展机制，已建成3个校级实践基地、5个院级实践基地和4个海外实践基地，可保证一个年级四个班（约120人）的生产实习全部在校院两级的实践基地中开展。2012年，教学合作走向世界，有21名同学到香港、新加坡等地进行海外实践基地实习。目前，以实践教学基地建设为依托，土木工程系已构建起完善的院系-基地联合实践培养模式，切实提升了本专业学生在解决实际工程技术问题，以及进行项目全过程管理、大型复杂系统工程的组织管理和团队领导等全方位能力，推动实践教学与顶级工程企业经营管理、大型复杂的项目的技术管理、学生就业选择和能力增长方向等的深度结合。