工程物理系设有核技术及应用、技术物理、核能科学与工程管理、安全科学与技术、医学物理与工程、近代物理6个研究所。覆盖核科学与技术、安全科学与工程、物理学3个一级学科，拥有7个二级学科、7个博士点、10个硕士点和1个博士后流动站；其中，核科学与技术一级学科是清华大学的传统和优势学科，连续三次在全国一级学科评估中排名第一。工程物理系坚持“理工结合、又红又专”的人才培养理念，不断改革创新，以培养输送大批高素质、高质量、具有国际化视野的核领域卓越人才为目标，在校生总体保持在1400余人的规模，其中，本科生600余人，研究生800余人。工程物理系在编教职工116人，其中，具有正高级职称38人，副高级职称64人，包括中国工程院院士1人， 教育部长江学者特聘教授3人，获国家杰出青年科学基金资助8人、优秀青年科学基金资助3人，国家万人计划4人。工程物理系承担和完成了国家重点研发计划、科技支撑计划、973、863、国家自然科学基金等一大批国家重大、重点科研项目，同时积极联合企事业单位开展合作科学研究。自2004年以来，年度科研经费均超过亿元。工程物理系积极探索产学研一体的技术创新体制机制，在安全检测技术、公共安全应急技术方面成功实现了成果转化。工程物理系取得了一系列重大科技奖励，近十年荣获科技奖励46项，包括国家科学技术进步奖（创新团队）（2013年）、国家技术发明奖一等奖（2010年）、国家科学技术进步奖一等奖两项（2003年、2010年）。