工程物理系坚持通识教育基础上宽口径的专业教育培养理念,以首届系主任何东昌先生提出的“少而精,精通精华”为课程设置思路,以“厚基础、强专业”为指导思想,加强数理基础与实践教学,强化能力和素质的培养,开拓学生国际视野。努力提高核科学技术、公共安全、实验物理专业人才培养的质量,适应国家核行业、公共安全行业及实验物理前沿发展对高 层次专门人才的需求,培养“研究型、管理型、创新型、国际型”的工程领域相关专业拔尖创新人才。

工程物理系设有两个本科专业：工程物理专业和核工程与核技术专业。在大类招生和培养的框架下，工程物理系各专业在数理大类招生并进行培养。每年招收本科生6个班，计划160人，其中，工程物理专业（能源实验班）30人、工程物理专业60人、工程物理专业（定向）10人、核工程与核技术专业（定向）60人，目前在校本科生600余人。

在研究生培养方面，工程物理系设有核科学与技术、安全科学与工程和物理学三个一级学科和七个二级学科，其中，核科学与技术一级学科全国评估排名第一，并被教育部评为首届全国一级学科重点学科，核技术及应用、核能科学与工程、核燃料循环与材料、粒子物理与原子核物理四个二级学科被教育部评为全国重点学科。具有核科学与技术、物理学以及安全科学与工程的一级学科博士和硕士学位授予权。工程物理系研究生招生规模是每年博士生60余人、硕士生50余人、工程硕士100余人，在校研究生800余人，其中深圳研究生院53人。