面对国际核威胁，为了保卫国家安全，维护世界和平，1955年1月15日，毛泽东主席主持召开中共中央书记处扩大会议，决定我国要搞原子弹、建立核工业，由周恩来总理亲自组织实施。发展原子能事业，首要任务是培养原子能科技人才，中央指派张劲夫、钱三强、蒋南翔等八位同志组成培养核科技人才领导小组。蒋南翔认为，为核事业培养人才，是清华大学义不容辞的责任，自告奋勇，在1955年春正式启动了清华大学原子能新专业的建设。

清华大学自力更生、紧锣密鼓、雷厉风行，从校内调配干部，由何东昌同志负责原子能新专业筹建工作，抽调了滕藤、吕应中、余兴坤，形成了最早的领导核心。为了争取时间，学校挑选了一批政治、业务优秀的教师、学生干部到新专业做基础骨干，还从国内其他学校以及留苏的学生中调过来一些。为了加速人才培养，1955年夏，由机械系等调入1953级优秀学生46人组成物八班、1954级优秀学生54人组成物九班，作为工程物理专业的二、三年级学生，并招收一年级新生组成0字班。1956年夏，以机械系工程物理专业招收新生16个班 ，组成物1各班。1955年9月，蒋南翔率团访问苏联，回国后在写给中央及周总理的报告中，提出了拟在清华大学工程物理系设实验核子物理、同位素物理、电子学技术、无线电物理、半导体及电介质、空气动力学、固体物理、热物理、稀有元素分离工艺九个专业的计划，经中央批准很快得到实施。

1956年10月27日，1956-1957年度清华大学校务行政会议第二次会议议决：成立工程物理系，由何东昌同志担任系主任。

从正式建系至文革前，老一代工物人艰苦奋斗、平地起家，克服了难以想象的困难，建起了全国专业最齐全的核科学技术系，培养了两千余名毕业生，为核武器研制和核工业建设输送了生力军，后来成长出一批学术大师、兴业之士、治国之才。独立建成了研究反应堆，同时建成了堆工、热工、放化等一批配套实验室，初步形成了200号教学科研基地。完成了离心法浓缩铀、萃取法（在工程物理系启动，由工化系、200号完成）后处理的重大科研项目，为核工业、核国防做出了重要贡献。1958年后陆续正式成立教研组。各教研组的代号、创建负责人如下：

在蒋南翔校长、何东昌主任的倡导和实践下，建系伊始，就坚持了“理工结合”的人才培养理念，“又红又专”的办学方向，形成了勇挑重担、团结奋斗、追求卓越的作风。1958年，工程物理系由老化学馆4楼半层迁入新建成的工物馆，度过了最艰苦的阶段。全系师生刻苦努力，开创了工程物理系的第一个辉煌期。

“文革”期间，教学、科研受到严重破坏，专业建制被拆散，干部受批斗，大部分教师下放农场劳动。1966年5月至1970年5月，教育工作陷入完全停顿状态。在此期间，由军宣队与工宣队组织的“革命委员会”领导全系工作，废除原教研组建制，实行班、排、连体制，强行系、厂合并，将原工程物理系所属专业，除原220、210-3教研组外，全部并入试化厂（200号），工程物理系成为200号下属的教学组织。广大干部和教师，都受到了不同程度的压力和冲击，有的被批斗，有的被劳改。虽身处逆境，仍忍辱负重，呕心沥血培养了1500余名工农兵学员，力所能及地开展了一些科研工作，并顶住压力开办了固体物理研究班（3个月后被迫下马，文革后复班）。

文革后第一个任务是消除文革的影响，尽快恢复教学科研秩序。1977年从200号迁回校本部，与原留下的220及210-3教研组合并，恢复原工程物理系建制。同年，文革中调入工程物理系的放射化工专业（代号250）调回工化系，放射性给排水专业（代号260）也由工程物理系调出。工程物理系体制基本回到文革前的构架。1978年春，恢复高考后的第一批学生入学（1977级），同年恢复了固体物理研究班，各专业开始招收硕士生，1981年开始招收博士生。教师开始学习使用计算机，更新实验仪器，重新编写教学和实验讲义，大部分实验室完成了重建，教学、科研很快全部走上了正轨。

第二个任务是应对市场经济的挑战：学生不愿报考核专业，教师队伍流失，财政极其困难，不断调出专业和教研组支援学校新建复建新学科，导致规模进一步缩小。在困境下，全系统一思想，知难而进，改革创新。第一，调整学制、专业和办学体制，提高教学质量。1994年将多个专业合并为一个工程物理专业，拓宽了专业面，实行了宽口径办学，培养适应性更强的学生。1992级起试行“4+2”（四年本科加两年硕士）、“4+5”的本、硕、博衔接统筹培养模式，提高了办学效率；重新修订了本科生培养方案，加大了选修课的比例，压缩了每学年的学分。第二，为了满足核工业逐步复兴对人才的需求，1992年起举办核工程与核技术专业第二学士学位班。第三，改革系内体制和管理机制。1995年起打破“教研组办学”体制，实施“系管教学、所管科研”的新体制；实施大办公室办公，精简人员、严格考核，提高机关工作效率，使工作职能由管理型向服务型转变。这些措施，不仅理顺了体制和机制，节约了开支，还提振了全系团结一致、再创辉煌的信心。

恢复高考后的物71班