【政府批建机构】

生物芯片北京国家工程研究中心

北京市多模态医学影像工程技术研究中心（生物医学影像研究中心）

慢性疾病的免疫学研究北京市重点实验室

【清华大学自主批建机构】

清华大学艾滋病综合研究中心

清华大学临床神经科学研究院

清华大学免疫学研究所

清华大学精准医学研究院

【跨院系交叉学科科研机构】

清华大学传染病研究中心

清华大学脑与智能实验室

【医学院自主批建机构】

医学系统生物学研究中心

医学院医药监管科学研究中心

【联合共建机构】

清华－IDG麦戈文脑科学联合研究院

清华大学－勃林格殷格翰感染疾病免疫治疗联合研究中心

清华大学（医学院）－北京陆道培血液病研究院有限公司血液肿瘤联合研究中心

清华大学（医学院）－航天泰心科技有限公司人工心脏联合研究中心