清华大学医学院致力于树立国际学科优势；把握大生命科学的研究趋势；形成了生命科学、基础医学等学科的科学布局；支持与鼓励学科交叉，特别是生命科学、基础医学与工程学科及公共健康学科的交叉。目前医学院分为基础医学、生物医学工程以及公共健康卫生等四大一级学科。

基础医学在蛋白质科学、神经科学、表观遗传与癌症、免疫与重大传染病、干细胞与再生医学等领域的拥有领先的学术地位。以生命科学跨越发展为基础，以临床医学实力提升为牵引，以医学转化为目标，在癌症、老年痴呆症、糖尿病、肝炎和艾滋病毒/艾滋病等疾病的治疗和预防领域开展了具有国际先进水平的研究。

生物医学工程包括神经工程与系统神经科学、生物医学影像、组织工程与微纳医学及医疗器械的研究。通过与生命科学以及药学学科和公共健康等学科的交叉，整合和优化医学物理、航空航天医学、生物医学材料等方面的力量，形成新的医工结合的学科平台。

公共健康将健康科学、管理科学和社会医学有机结合在一起，采用多学科、跨领域、跨文化，以实践为导向的教学和研究方法，理解发展中国家在公共健康实践活动中的相同点和独特性，识别并解决卫生服务质量、健康产品可及性的问题以及全球卫生政策改良等重大公共健康问题，并从新的视角去探索如何应对与解决非一国之力所能及的全球公共卫生健康问题。

根据学科发展的需要，医学院先后成立了一批重要的研究机构，同时与国内外知名高校和企业建立联合共建机构，为未来的成果转化铺垫了坚实的基础。