医学院研究生教育经过十余年的发展已初具规模。

医学院根据不同的学科特点，形成了适合本学科的培养方式。基础医学系从2011年改革博士生的培养机制：1）在招生上，同清华大学生命科学学院、生命科学联合中心三方联合招生面试，并且采取博导集体面试，不依赖所报名的导师打分，确保择优录取；2）在培养上，根据博士生新生轮转机制实现“择导”，并且实行博士生资格考试和导师组考核的新机制，提高了博士生培养的质量。

生物医学工程学科在研究生招生、培养目标及培养方式等方面形成了较为完整的培养体系。在招生上，生物医学工程系自2012年已连续6年举办了“清华大学医学院生物医学工程系夏令营”，以提前选拔优质生源。在培养目标上，同时注重“顶天”和“立地”：一方面培养能够开展高水平学术研究的科研人才； 另一方面培养能够脚踏实地，在产业领域开拓和创业的技术和管理人才，以促进我国生物医学工程产业的发展。在培养方案上，制定了“卓越工程师”培养计划与方案，既注重创新思维 和理论知识的引导与积累，又注重实践能力和技术实现能力的锻炼。