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历史学是清华大学历史最悠久、成就最辉煌的学科之一，1911年建校初期就开设有中国史、西洋史等课程，1926年正式成立历史系。着名学者王国维、梁启超、陈寅恪等都先后在历史系执教，并形成了中西交融、古今贯通的学术传统，培养了一批又一批高水平的史学人才。1952年全国高校院系调整，清华大学历史系并入北京大学等校。

二十世纪八十年代以后，清华大学逐步恢复包括历史学科在内的人文学科。1985年，清华大学成立思想文化研究所，主要从事中国古代思想文化史研究；1993年，历史系恢复建制；2001年，中央工艺美术学院并入清华，艺术史学科也成为清华史学的一个重要组成部分；2003年，历史系与思想文化研究所合并，成立了新的历史系。清华历史学科依托清华大学良好的学术环境，已经形成了以历史系为中心，多学科密切合作，名家汇集，梯队合理，优势集中，特色明显，图书资料积累量大，人才培养和学术研究国际化程度不断提升的学术格局。

历史系下设有中国古代史、中国近现代史、世界史、思想文化史等教研室，以及礼学研究中心等专门研究机构。2008年，历史系还与化学系、图书馆等单位合作，成立清华大学出土文献研究与保护中心，从事清华简等出土文献的保护整理与研究工作。2011年，以该中心为主建立的“出土文献与中国古代文明研究中心”获批为教育部人文社会科学重点研究基地。

历史系拥有雄厚的师资队伍，现有专任教师30人，另有兼职教授多人；专任教授中有欧亚科学院院士、中央文史馆馆员、国务院学位委员会历史学学科评议组成员、历史教学委员会委员、国家级学会会长、副会长等。目前，历史系可以招收中国史、世界史两个一级学科各相关领域的博士生、硕士生、本科生和外国留学生，并设有中国史和世界史两个博士后流动站。

现任系主任侯旭东教授，副主任刘国忠教授、方诚峰副教授，党支部书记张勇教授。

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