教育研究院在研究上坚持“顶天、立地、育人”的清华传统，坚持走有中国特色、世界水平和清华风格的教育研究之路，一方面积极参与国家层面的宏观教育政策、发展战略和基本理论研究，为推进全国的教育改革，特别是高等教育事业发展贡献力量；另一方面积极配合国家战略和学校发展战略需求，实际问题解决的需要进行深入研究。形成较为鲜明的特色：本土立场、国际视野、问题导向、学科交叉、融学术意义、实践价值和现实影响的理论、政策与技术研究。
在过去近十年中，我院承担的科研项目达800余项。包括国家哲学社会科学重大攻关项目、全国教育科学规划中的重点项目、招标课题以及国家相关部门的重大委托课题和国际合作课题的研究。2013-2015年均科研经费超2000万，纵向经费占比不断提高。一批成果获得全国教育科学优秀成果一等奖、北京市哲学社会科学优秀成果一等奖、二等奖。仅以2016年举行的第五届全国教育科学研究优秀成果奖评选中，我院教师就获得1项一等奖、2项二等奖、1项三等奖。
我院教师发表各类论文800余篇，其中发表SSCI 检索论文26篇，CSSCI 检索论文561篇。出版学术专着着作33部。人均学术产出、篇均被引数均居全国教育学科单位前列。在QS教育学科全球排名中居大陆高校第3位。教育技术研究团队研究开发的 “清华教育在线”系列教育教学平台，深度影响中国高校职校信息化教育教学改革，持续推动院校信息化教育教学模式创新。我院连续三届被评为全国优秀高等教育研究机构。研究成果获得高等教育国家级教学成果奖、全国教育科学研究优秀成果奖、高等学校科学研究优秀成果奖 (人文社会科学)、北京市哲学社会科学优秀成果奖、北京市科技成果奖等国家级、省部级奖励，产生了广泛的学术影响和政策影响。
