联合国教科文组织国际工程教育中心
中心以实施《联合国2030年可持续发展议程》为目标，以创新驱动和产学合作为主线，聚焦工程科技人才培养，围绕全球工程教育质量提高与促进公平的核心使命，努力成为高水平的人才培养基地、智库型的研究咨询中心和国际化的交流平台。
教育部-清华大学教育战略决策与国家规划研究中心
中心围绕经济社会发展全局中教育规划的重大战略问题积极开展各项研究、教育、培训和评估工作。旨在为国家制定相关政策提供科学依据与政策建议。积极参与国内外学术交流活动，扩大学术声誉和社会影响力，中心的目标是逐渐成为国家教育发展战略领域的重要咨询机构、国家和教育部的决策思想库和智囊团。
清华大学亚洲研究中心
中心宗旨在于资助清华大学教师、研究人员以及研究机构的学术研究和学术活动，为亚洲的学术发展和增进相互理解以及共同繁荣做出贡献，学科领域以人文社会科学为主，兼顾自然科学。
清华大学工程教育研究中心
清华大学工程教育研究中心挂靠教育研究院运行，是跨学科、跨单位研究机构，是清华大学的工程教育改革咨询机构，也是教育部工科教学改革发展研究基地。中心面向国家战略开展研究，对中国工程教育的重要决策产生持续影响。
清华大学全球学校与学生发展评价研究中心
中心宗旨是聚焦学生评价与学校发展，在面对全球化所带来人类共同的教育挑战时，贡献清华、中国的思想与解决方案。中心依托清华大学教育研究院，由平方创想教育科技（北京）有限公司捐资兴建。通过贡献学术价值和提供政策研究，中心将努力成长为一个具有世界影响力的全球学评中心。
清华大学未来教育与评价研究院
秉承“中西融汇、古今贯通、文理渗透”的综合创新精神，凝结多学科多领域智慧，建设未来教育理论、实践及评价的研究平台，推动全球未来教育跨界研究与实践创新，以期为人类教育发展贡献思想。
清华大学教育研究院学位与研究生教育研究中心
中心是由清华大学教育研究院、清华大学研究生院联合举办的学位与研究生教育专门研究机构，致力于成为全国学位与研究生教育研究的公共平台。
清华大学教育研究院天行教育研究中心
中心以“育养灵心、学教明生”为宗旨，主要从事中外教育思想的研究，同时关注中国的教育现实，在深入研究的基础上提出自己的教育理念，参与教育改革实践，力求促进中国教育的改革与发展
